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1.什么是蛋白質組學
蛋白質組學（proteomics）是采用大規模、高通量、系統化的方法，從整體的角度分析生物中動態變化的蛋白質組成成分、表達水平和修飾狀態及蛋白質之間相互作用的學科。
2.Olink產品檢測項目
3.Olink蛋白檢測所適用樣本
4.Olink蛋白研究方向
Olink蛋白質組學常應用在Develop diagnostics biomarkers（診斷研發）、Biomarker Discovery in Drug （藥物研發）Development Process、Improve understanding of disease biology（基礎研究）、New applications （新的應用開發），重大疾病的研究（七大疾病類型和七大生理過程）、醫學轉化等等。
示例3.1：
2023年10月4日，Nature《目然》雜志上發布了三篇重磅文章集中報道了全球最大血漿蛋白質組英目(UK Biobank Pharma Proteomics Project,UKB-PPP)的首批成果，揭開了大規模血漿蛋白質組在精準醫學領域廣泛應用的新篇章。
這篇發表于Nature雜志的重量級研究均使用了UKB-PPP產生的數據，其中13家國際生物制藥公司通過訪問英國生物庫生成了新的蛋白質組學數據。UKB-PPP項目是一個大型綜合性項目，致力于推動藥物靶點發現和生物標志物開發，旨在利用基因蛋白組學知識來更好地理解人類疾病機制，并促進新型治療方法研究及轉化，從而實現更加精準和靶向的治療
UKB-PPP項目從2020年11月開始至2021年3月，在英國樣本庫現有的502,414個樣本中選擇了54,219個樣本納入研究。其中，46,595個隨機選擇的自然人群隊列作為基線樣本，6,376個由13家藥企挑選的樣本作為專病隊列樣本，其中每家藥企挑選了約500個樣本。此外，研究中還包括了1,268位新冠患者3次隨訪樣本。所有EDTA血漿樣本分7個批次送至位于瑞典烏普薩拉的Olink總部實驗室進行Olink Explore 3072檢測，數據在2022年11月全部交付。截止目前，全部數據已可以向UK Biobank申請下載，供全球科學家進行科研使用。
研究團隊在拿到數據后進行了嚴格的內部數據質控及交叉驗證，確認了Olink Explore數據的高質量和可靠性，并將血漿蛋白質組數據與聯盟已有的大規模人群基因組和表型組數據結合。在文章中，研究人員提供了研究計劃的詳細總結，包括技術和生物學驗證，對蛋白質組疾病特性的見解，以及不同人群健康指標的預測模型。基于2,923種蛋白標志物的基因蛋白組學分析，文中發現并展示了非歐洲個體的祖先特異性蛋白質定量性狀位點（protein Quantitative Trait Locus, pQTL）系統譜圖：發現14,287個pQTL主要遺傳關聯，且81%是之前未被描述的；其中約83%蛋白標志物至少對應一個pQTL遺傳關聯，且67% pQTL為與藥物靶點發現更相關的cis-pQTL；發現860個trans-pQTL，進一步揭示生物學通路與蛋白互作之間的關聯。????該研究提供了血漿蛋白質組遺傳結構的最新特征，而隨著樣本量和蛋白質組覆蓋率的增加，新型pQTL的發現率也不斷增加。UKB-PPP及聯盟為科學界提供了相當廣泛和深入的開放性蛋白質組學資源獲取渠道，并通過蛋白基因組學研究闡明生物學機制，加速生物標志物、疾病預測模型和治療方法的發展。
示例3.2：
進行性纖維化性間質性肺病的蛋白組特征——多中心隊列研究
摘要：進行性纖維化間質性肺病涵蓋一系列，其特征是呼吸衰竭加速、疾病頻繁惡化和早期死亡。目前沒有能夠在纖維化進展發生之前鑒別出風險較高的患者的方法。這項研究使用Olink Explore-384 Inflammation對588個進行性纖維化性間質性肺病患者血漿樣本進行檢測，通過機器學習共鑒定到17個標志物，在預測纖維化性間質性肺病患者風險方面具有巨大的潛力，且不同肺纖維化亞型中均顯示出高度一致性。
結果：0link蛋白組在發現集中共篩選到31個與肺纖維化進展相關的血漿蛋白質，其中17個蛋白質在驗證集中被進一步驗證。根據基線肺功能臨床試驗排除標準控制入組，發現集保留270例樣本，驗證集保留119例樣本。Olink血漿蛋白組結合機器學習(LASSO篩選最終得到由12個蛋白質組成的肺纖維化蛋白質組學風險評估模型，定義評分小于0.3的為低風險人群，大于等于0.3的為高風險人群。和低風險人群相比，高風險人群1年內最大肺活量變化明顯。
5.Olink蛋白技術優點
①高通量（48-3072個蛋白）
②高靈敏度 高特異性（PEA雙抗體識別技術）
③動態范圍廣（蛋白覆蓋10 logs fg-mg）
④樣本用量少（只需6μl可以檢測3072個蛋白）
5.Proximity Extension Assay (PEA)技術
PEA的技術又叫鄰近延伸分析技術，是一種雙重識別免疫分析，即兩個匹配的抗體同時與一個靶標結合，并以獨特的DNA寡核苷酸標記。
Olink專利的PEA技術，在檢測每一個抗原（蛋白）時，都設計了一對特異性匹配的抗體，保障了“免疫學反應水平的特異性”；更進一步的是，PEA技術借助于給這一對抗體上分別加上一一配對的核酸單鏈，從而借助DNA配對的特異性，規避了多重檢測時的“免疫學水平的串擾”。
PEA是一種非常適合于大規模的精準蛋白質組學研究工具，具有良好的靈敏度、快捷性、高通量分析、以及在多重通道水平上的特異性。
溶液中的蛋白質使兩種抗體接近，使其DNA寡核苷酸雜交，作為DNA聚合酶依賴性延伸步驟的模板。這將創建一個雙鏈DNA"條形碼"，該條形碼對于特異性抗原來說是唯一的，并且在數量上與靶蛋白的初始濃度成正比。雜交和延伸后立即進行PCR擴增 ，最后通過微流控qPCR對擴增子進行定量。
6. Signature Q100 工作流程
olink蛋白項目實驗流程及實驗設計
Olink 實驗流程
（1）孵育
（2）延伸
（3）檢測
NGS檢測平臺所需儀器設備
Olink 實驗設計及注意事項：
7.link蛋白項目生信分析流程
Olink Proteomics創立于瑞典烏普薩拉，致力于突破蛋白檢測在“多重能力/特異性”、“靈敏度”和“檢測通量”等方面的綜合瓶頸，進而實現超靈敏多重蛋白標志物檢測、無偏靶向蛋白質組學和精準蛋白組學，以幫助蛋白標志物的發現、藥物研發、轉化醫學、以及讓“多組學整合”真正切實可行。
具體來說，我們基于專利PEA技術，秉承嚴謹和透明的科學精神，開發并充分驗證了一系列開創性的olink Panela
這些Panel可賦能科學家，通過在1-6μl體液中精確檢測15-5400種生物標志物，更加充分地理解實時生物學。從而，借助多組學發現PQTL等創新藥物靶點:篩選更好的疾病預測和預后標志物;理解藥物作用的MoAa,Safety, PK.PD.Dose:拓展已上市藥物的適應癥;開發伴隨診斷;加速藥物研發進程，降低藥物研發成本:同時促進從臨床科研到臨床應用的轉化;提高腫瘤等疾病早篩方法的靈敏度和特異性，并最終達致精準醫學。
Olink現已覆蓋100%主要信號通路，實現生物學意義上的超靈敏無偏靶向蛋白組學(兼容各種樣本類型，對傳統方法無法勝任的血漿血清等體液樣本尤其適用)。
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